Před léčbou endodontista zhodnotí, zda je dřeň nebo zubní „dužina“ živá, určí ústí kořenových kanálků a stav periodontu. Předepíše tepelný test, elektroodontodiagnostiku, rentgen nebo 3D diagnostiku. Na základě výsledků vyšetření se rozhodne, zda lze dřeň zachránit, nebo bude muset být odstraněna a zda bude účinné pouze endodontické ošetření nebo je potřeba odstranit kořen či celý zub.

V endodoncii se rozlišuje konzervativní a chirurgická léčba. Endodontista volí metodu podle toho, jak bude snazší přístup do dřeňové komory. Při konzervativním přístupu zavádí nástroj přes korunku, při chirurgickém přístupu – přes apikální část. Aby se k ní dostal, prořízne dáseň a odlupuje sliznici.

V závislosti na patologii se také mění specifika endodoncie:

• Komplikovaný kaz. Zubní lékař otevře karyózní dutinu, vyčistí ji po vrstvách od zničené skloviny a ošetří antiseptickými roztoky. Pokud je koronální část vážně poškozena, je na její místo umístěna protéza.
• Pokud je dřeň zanícená, ale není mrtvá, specialista ji přímo nebo nepřímo pokryje hydroxidem vápenatým. V prvním případě se obnaží a nanese se lékařská pasta, která vytvoří novou ochrannou vrstvu neboli dentinový „můstek“. Ve druhém se promyje zubní kaz a na jeho dno se nanese pasta bez otevření dřeňové komory, kde se nachází zubní „dřeň“. Pokud je zničena, endodontista ji odstraní nebo amputuje poškozené místo.
• Při zánětu parodontálních tkání se kolem apexu hromadí hnis, který vytéká ze zaníceného kořene. Endodontista zavede nástroje do dřeňové komory, odstraní z ní hnisavé hmoty a vypláchne ložisko infekce.

Po ošetření a očištění se kořeny naplní výplňovým materiálem – gutaperčovými čepy a pastami.